Odprowadzenie wody z pergoli może odbywać się na kilka sposobów. Po pierwsze, pergole mogą być zaprojektowane z odpowiednimi materiałami, które skutecznie zatrzymują krople deszczu, zapewniając, że woda nie przenika przez dach. Na przykład, pergole ogrodowe wykonane z aluminium są znane z ich odporności na warunki atmosferyczne.
Co do systemów odprowadzania wody, pergole lamelowe mogą być wyposażone w specjalne rynny, które kierują wodę w określonym kierunku. Nawet niewielkie nachylenie dachu wystarczy, aby woda opadowa spływała swobodnie. Jednak samo nachylenie dachu i odpowiednie profile mogą również skutecznie kierować wodę na ziemię, gdzie może ona być wchłonięta przez trawnik. Rynna to dodatkowe ułatwienie, choć nie jest niezbędne do prawidłowego działania pergoli.